De retour parmi ses congénères, il s'oppose à la toute-puissance des pouvoirs publics et refuse de payer l'impôt. Dans un texte de résistance et de désobéissance à l'Etat, il affirme : "Dans leur masse, les hommes servent ainsi l'Etat, non pas tant par leur qualité d'hommes, mais avec leur corps, comme des machines. Ils constituent l'armée permanente, la milice, les gardiens de prison, les gendarmes, la force publique, etc."
(…) "Je n'ai jamais refusé de payer la taxe pour l'entretien des routes car je suis tout aussi désireux d'être bon voisin que mauvais sujet. En ce qui concerne celle des écoles, je contribue pour le moment à l'éducation de mes concitoyens. Je ne refuse pas de m'acquitter de ma feuille d'impôts en raison de telle ou telle rubrique spécifique qui y figure, je souhaite uniquement dénier mon allégeance à l'Etat, me mettre à l'écart et m'en tenir effectivement à distance. Je ne me soucie guère de suivre mon dollar à la trace, si tant est qu'on puisse le faire, du moment qu'il ne sert pas à acheter un homme ou un fusil pour tirer sur quelqu'un."
ou encore :"...Ce monde est un carrefour d'affaires. Quelle agitation incessante ! Pratiquement toutes les nuits, je suis réveillé par le halètement des locomotives. Cela interrompt mes rêves. On ne respecte pas le sabbat. Comme il serait merveilleux" de voir, pour une fois, le genre humain s'adonner au loisir ! Il ny a rien d'autre que le travail, le travail et encore le travail. Ce n'est pas chose aisée que d'acheter un cahier aux pages blanches pour y consigner nos pensées, tous sont en général pourvus de lignes pour y inscrire des dollars et des cents.
Thoreau disparaîtra à l'âge de quarante-cinq ans. Il aura été le grand inspirateur d'une démarche de résistance non violente, démarche qui sera reprise par tous ceux qui, face à la guerre, face aux injustices de toute nature, entendent pratiquer la désobéissance civile. Dans ce monde qui marche sur la tête depuis pas mal de temps, il semblerait que ce refus reste le seul moyen mis à notre disposition pour s'opposer à cette machinerie étatico-capitaliste destructrice d'hommes et de la planète.